低聚果糖主要是有兩個大類生產工藝,一類要以蔗糖為原材料,運用發酵工程生產制造的β-果糖基轉移酶或β-呋喃果糖苷酶轉換而成;另一類要以菊粉為原材料,選用酶水解造成。中國、日本和韓國等國家的主流生產制造方式是第一類方式,以蔗糖為原材料,運用黑曲霉、鐮刀霉、日本曲霉等菌種分泌出的β-呋喃果糖苷酶和盧-果糖基轉移酶開展酶化學反應,先后經過濾、清潔、特制和萃取而得到制成品。工業化生產上一般來說選用黑曲霉等造成的果糖轉移酶功效于濃度較高的(50%-60%)的蔗糖溶劑,歷經一連串的酶轉換功效而得到低聚果糖商品。低聚果糖的加工工藝,已從第1代的液體發酵工藝、第2代的固定化細胞催化工藝,發展到第三代固定化酶催化劑生產工藝。
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